祁连县民族中学,创办于1975年9月,原名“海北民族师范学校祁连代训班”,校址在县城西北郊区红崖湾,招收学生32名。1977年9月,在“海北民师代训班”的基础上创建了“祁连县民族初级中学”,校址在祁连县林场路35号(现中天泰公司旅游基地),有2个教学班,80名学生,教职工12名。1986年,祁连县政府投资55万元在祁连县草原站西侧新建“祁连县民族中学”,校址在林场片段11号(现祁连县三完小校址),占地面积22300平方米,建筑面积4037平方米,有9个教学班,215名学生,35名教师。到1997年,因高中学生减少,上级有关部门决定将高中部暂时代培在祁连县一中,当时初中有3个教学班,学生80名,加上高中代培的学生,共有96名学生,教职工36名,专任教师26名。
祁连县民族中学于2003年10月迁址至原祁连县一中校址八宝镇南街56号(现祁连县职业中学校址)。2007年8月,祁连县民族中学恢复高中招生。2008年10月,我县开始实施中小学校布局调整、教育资源整合,我校与祁连县中学进行资源整合,将高中部并入祁连县中学,祁连县中学初中部并入我校,祁连县民族中学开始承担全县95%以上的初中学生的教学任务,到2009年学校规模达到27个教学班,学生1605名,专任教师82名,2010年教学班级达到29个,学生1700名,专任教师95名。由于学生生源的不断增加,原有的校舍已经不能满足全体师生的工作和学习,根据全县教育布局调整、资源整合的规划,2009年县委、县政府决定在新城区规划建设新校区。2011年9月新校区建设完工,央隆中学、扎麻什中学、八宝中学并入我校,迁址至新校区,校址在祁连县新城区人民路东,教学班级达到39个,学生近二千名,教职工达到193名,专任教师120名,成为祁连县规模最大、学生和教职工人数最多的一所学校,也是唯一一所投资最大、配置最高、设施最全的寄宿制民族初级中学。
祁连县民族中学历任校长有刘玉梅、周永德、麻守贵、张占祥、多杰加,现任校长华公加。